El libro comienza con el hundimiento a manos de la mafia rusa del Fowl Star, el barco con el que Artemis Fowl I comerciaba con este país. Artemis Fowl I es secuestrado y retenido en el ártico durante dos años. Dos años más tarde, Artemis Fowl I recibió noticias del Fowl Star mientras se reunía con un psicólogo del colegio.
Al mismo tiempo, la capitana Holly Canija y un duendecillo, Chix Verbil, vigilaban un conducto semiabandonado, cuando Chix recibió un disparo en un ala. Los culpables resultaron ser los B´wa Kell, una organización de goblins. Lo que extrañó a los agentes de la PES fueron las pilas humanas usada en las armas y la lanzadera de los goblins, construida con material reciclado. Esto les extrañó porque los goblins son 'muy, muy, pero que muy tontos' según el libro. Así que llegaron a la conclusión de que Artemis Fowl debía estar detrás de todo este asunto.
El mensaje que recibió Artemis Fowl resultó ser un mensaje de su padre, al que por cierto, le faltaba una pierna. El mensaje decía 'hola, hijo'. Breve, pero lo suficiente como para avivar la esperanza de Artemis de rescatar a su padre; y también una indirecta de la mafia para que fuese reuniendo el rescate.
Holly y el comandante Remo someten a Artemis a una prueba, y descubren que él no vendía pilas a los goblins, pero le piden ayuda para encontrar al culpable a cambio de aydarle con el rescate de su padre.
Mientras, Opal Koboi, una duende muy lista y Brezo Cudgeon, un renegado de la PES, dirigen la B´Wa Kell. Pero la PES descubre al suministrador de pilas, y las cosas se complican para la panda de goblins.
O eso creían Artemis y sus compañeros cuando, cerca del lugar de secuestro de Artemis Fowl I, sufren una emboscada de goblins y sus armas están saboteadas. Gracias al ingenio de Artemis y la valentía de Holly, consiguieron salir sanos y salvos.
Abajo, en el subsuelo, las cosas no andaban mucho mejor: Opal Koboi tanía el control de las armas de la PES y Brezo retenía secuestrado a Potrillo en su propia cabina blindada. Mientras tanto, los goblins sembraban el caos y la destrucción. Encima la gente creía que Potrillo era el traidor.
Así que Artemis y sus amigos han de ir al subsuelo acompañados de un enano, Mantillo Mandíbulas, y entrar en los laboratorios de Opal Koboi. En su incursión se topan con un montón de problemas y casi los matan los goblins. finalmente consiguen llegar hasta Opal y enseñarle un vídeo astutamente grabado por Potrillo. En él se mostraba a Cudgeon narrando cómo la iba a traicionar y a asumir el mando él solo. Esto, claro, no hace ninguna gracia a Opal, quien se dirige a matar a Cudgeon. Cudgeon murió, pero eso a nadie le importó, porque la PES había tomado el control otra vez.
Cuando volvieron al Ártico, una astuta jugada de Artemis, quien finge la muerte de su padre, le sirve para recuperarle, aunque con una pierna menos y casi congelado.
En el epílogo Artemis continúa su cita con el psicólogo, que le pregunta se había alguien a quien respetaba (anteriormente había dicho que no). Él piensa en su padre, en Holly y en Mayordomo, y dice que sí.
